由于本人近期需要使用mega进行序列比对和进化树的构建。可恶的是，每次到进化树或则模型find完成之后，就会莫名其妙的闪退，就很让人崩溃，所以在网络上搜寻资料，查询megacc的使用方法，最后怕自己忘记了，所以在此记录一下。

首先制作.mao文件，打开图形化的MEGA软件（如下图），点击右下角的prototype，然后选择你的序列格式。选择你要进行的操作，这里我们选择align，调整align里面的参数，最后点击保存设置，这样我们的.mao文件就制作完成了。

当我们得到.mao文件后，我们就可以进行接下来的操作了，

上述代码中，-a表示输入的.mao文件，-d表示输入的序列文件，-o文件表示输出文件或文件夹

最后我们就进行默默的等待结果就可以了，其他的操作均相识

值得注意的是，进行其他操作时，需要将序列文件转化为mega可识别的文件，我们在进行其他操作之前可以用align进行比对一下，结果就是mega可是别的文件。

附：

其中的txt文本中输入个文件的绝对路径，每行一个，就下下面一样

/Volumes/user/lab/jute/jute/Co/1-seq-blast/1*.fa

/Volumes/user/lab/jute/jute/Co/1-seq-blast/2*.fa

/Volumes/user/lab/jute/jute/Co/1-seq-blast/3*.fa